HAL Personeel
Sinds het begin van de oorlog in september 1939 was de bedrijvigheid flink teruggelopen. Op 1 mei 1940 waren er 241 personeelsleden in het hoofdkantoor werkzaam. Hun salarissen waren al op 1 januari verlaagd met 10%. Vanwege de situatie werd de zetel van de maatschappij bij notariële akte op 14 mei verplaatst naar Curaçao. Eén dag later werden 74 personeelsleden ontslagen waarbij de oudgedienden werden ontzien. Deze beslissing werd door de Duitse bezetter ongedaan gemaakt, maar velen werden daarna overgeplaatst naar de Schade Enquête Commissie. Uit financiële overwegingen werd kantoorruimte verhuurd aan derden. In de zomer van 1940 is door de directie van de Holland-Amerika Lijn, ondanks hevige protesten van de Metaalbewerkersbond Nederland, ook voor het personeel van de Technische Dienst 10 % loonsverlaging doorgevoerd. Op 26 juni 1941 waren in het gebouw van de werkplaatsen nog 385 personen werkzaam, maar hun aantal werd geleidelijk verminderd tot 115. In dezelfde periode werd het personeelsbestand in het hoofdgebouw nog eens verminderd van 178 naar 77 personen.

Gedurende de gehele bezettingstijd hebben personeelsleden van de HAL en van andere rederijen, en particulieren zich in het hele land ingezet voor de ondersteuning van de gezinnen van hen die in geallieerde dienst voeren.  (Zie: ‘Eerbetoon aan kapitein Filippo’)

HAL schepen
Omdat er magnetische mijnen waren gedropt in de Waterweg en de gevechten konen, ondanks pogingen van enkele kapiteins, officieren en bemanningsleden, de binnenliggende schepen niet meer uitvaren. Na de capitulatie waren 6 schepen in Rotterdam achtergebleven. Het ss Statendam (3) was in de meidagen in de vuurlinie komen te liggen en ging door brand verloren. Tweede machinist J.P.E. Vos kwam om het leven door een bom op de Kruiskade, terwijl hij onderweg was naar de Statendam om deze te behoeden voor oorlogsschade. Zijn naam staat vermeld op het HAL Oorlogsmonument. Er volgde een rechtszaak over verzekeringspenningen, die door de echtgenote weliswaar werd gewonnen, maar niet nadat ook de Bond van Nederlandsche Stuurlieden ter Koopvaardij zich hierin had gemengd.

De Boschdyk had enorme brandschade en het wrak werd in 1942 afgevoerd naar de Oostzee. Ook de Veendam had brandschade, maar deze kon worden hersteld. Het schip werd weggevoerd naar Duitsland en deed dienst als depot- en logementschip. In de Rijnhaven ontstond brand aan boord van de Dinteldyk. Door de enorme schade deed het schip alleen nog dienst als blokschip op 23 september 1944. De Damsterdyk (RO 12) en Drechtdyk (RO 13) werden door de bezetter in beslag genomen ten behoeve van de nooit uitgevoerde Operatie Seelöwe en verdwenen later naar de Oostzee. De Westerdam en Zuiderdam waren in aanbouw. De bouw werd herhaaldelijk vertraagd door Britse luchtaanvallen en sabotage. In 1944 werden zij door de Kriegsmarine gevorderd en als blokkadeschepen tot zinken gebracht in de Nieuwe Waterweg.